D'autres thèmes abordés par le concile lui tenaient particulièrement à cœur, comme la pastorale familiale et l'œcuménisme, dont il avait été un précurseur en obtenant de Rome la possibilité d'accueillir des non catholiques et des non chrétiens comme coopérateurs de l'Opus DeiJosemaría Escrivá de Balaguer — Wikipédia

Convoqué en 1959 par le pape Jean XXIII, le concile Vatican II fut accueilli avec joie par Josémaría Escrivá. Dans une lettre du 25 mai 1962, lorsque les organisateurs du concile décident de traiter de la sainteté et de l'apostolat des laïcs, il écrit aux membres de l'Opus Dei :
« Si vous pouviez voir à quel point je me réjouis que le Concile en vienne à s'occuper de ces sujets qui remplissent notre vie depuis 1928